ویرایش جدید لایحه برنامه ششم توسعه که با اشکالات و نقایص متعددی تقدیم مجلس شده و طبق گفته کارشناسان و نمایندگان مجلس بحران های اساسی کشور در آن مغفول مانده، تویط موسسات مطرح پژوهشای کشور هم مورد نقد و بررسی قرار گرفته است.
مرکز پژوهشهای مجلس که بازوی پژوهشی مشورتی نمایندگان مجلس در تصویب لوایح مهم دولت است، در بررسی ویرایش جدید لایحه برنامه ششم توسعه برخی موارد از این لایحه که تناسبی با اقتصاد مقاومتی ندارد را احصا کرده است.
این مرکز با تاکید بر اینکه نسبت مواد لایحه با اقتصاد مقاومتی مشخص نیست نوشت: اقتصاد مقاومتی حاوی یک نوع نگاه از آینده به حال است، به‌عبارت دیگر اقتصاد مقاومتی تهدیدهایی را که می‌تواند در آینده کشور را دچار بحران کند، شناسایی کرده و با هدف افزایش تاب‌آوری و کاهش صدمات احتمالی برنامه‌ریزی می‌کند، حال آنکه لایحه برنامه تقدیمی از این ویژگی برخوردار نیست و مشخص نیست افزوده سیاست‌های اتخاذی با فرض تحقق آنها چیست و چقدر ضریب مقاومت کشور را بالا می‌برد.
مرکز پژوهشهای مجلس همچنین به نامشخص بودن ارتباط مصوبات ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی با مواد لایحه اشاره کرد و افزود: در لایحه برنامه درخواست شده است که برنامه‌ها و پروژه‌های مصوب ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی در بودجه‌ریزی سالیانه از اولویت برخوردار شوند. توضیح اینکه ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی (متشکل از وزارتخانه‌ها و دستگاه‌های اجرایی) در تاریخ 16 فروردین‌ماه 1395 پروژه‌های دارای اولویت را تصویب و به دستگاه‌های اجرایی ابلاغ کرده است. حال سوال اساسی این است که چگونه مجلس می‌تواند اولویت تامین مالی این پروژه‌ها را تصویب کند، در حالی که در روند تصویب و گزینش این پروژه‌ها (در قالب بودجه سالیانه) هیچ نقشی نداشته است.
در این گزارش همچنین به ارائه اهداف مرتبط با اقتصاد مقاومتی در مواد لایحه بدون توجه به الزامات آن تاکید و آورده شد: در موادی از لایحه، عباراتی به عنوان هدف ذکر شده‌اند که این اهداف، ذیل اقتصاد مقاومتی جانمایی می‌شود، اهدافی نظیر قطع وابستگی بودجه به نفت، مردمی کردن اقتصاد، اصلاح و تقویت نظام مالی کشور، تحقق اقتصاد دانش بنیان و... اما در ذیل مواد موردنظر، پیشنهادات و راهکارهایی مطرح شده است که به صورت حداقلی، اهداف فوق‌الذکر را برآورده خواهد کرد. برای مثال قطع وابستگی بودجه به نفت الزامات متعددی دارد و صرفا با طرح موضوع ممنوعیت معافیت‌های مالیاتی و همچنین موضوع درآمدهای حاصل از عوارض، نمی‌توان به هدف فوق‌الذکر (قطع وابستگی بودجه به نفت) دست پیدا کرد.
بر اساس این گزارش، راجع به تحقق اقتصاد دانش بنیان هم مثال‌هایی از این دست وجود دارد، دو نوع رویکرد در مورد این هدف قابل مشاهده است: نخست، رویکرد بودجه‌ای و دوم: رویکرد معطوف به تدوین آیین‌نامه توسط دستگاه‌ها‌های اجرایی، تجربه انباشته کشور نشان می‌دهد که اتخاذ رویکرد بودجه‌ای به مسائل بنیادین کشور، نه تنها نتوانسته است مشکلات را مرتفع سازد، بلکه بعضا به دلیل پدید آمدن ساختارها و سازمان‌های جدید به تبع تزریق وجوه، مسئله بحرانی‌تر شده است.
در رویکرد دوم نیز، در راستای تحقق اقتصاد دانش‌بنیان، تمامی دستگاه‌های اجرایی موظف شده‌اند طی زمانبندی‌های تعیین شده، آیین‌نامه و اسناد راهبردی خود را تدوین کنند، سوال این است که چرا چنین اسناد و آیین‌نامه‌هایی پیش از اجرای برنامه ششم تدوین نشده‌اند؟ و اینکه چند درصد از این آیین‌نامه‌ها در زمان مقرر و با کیفیت مطلوب نگاشته خواهد شد؟ تجربه عملکرد برنامه چهارم نشان می‌دهد که حتی تا پایان برنامه، کمتر از 50 درصد از آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها تدوین شدند.