در خلاصه برنامه پیشنهادی وزارت امور اقتصای و دارایی که در قالب برنامه‌های پیشنهادی جهت تحول نظام مالیاتی در سال ۱۳۹۷ ارایه شده آمده است: نظام مالیاتی ایران به دلایل مختلف از جمله وفور درآمدهای نفتی در برهه‌های مختلف، متناسب با ظرفیت‌های اقتصادی کشور توسعه نیافته و با وجود تاکیدات مکرر در اسناد بالادستی بر ضرورت قطع اتکای بودجه دولت به درآمدهای نفتی از طریق افزایش سهم درآمدهای غیرنفتی به ویژه درآمدهای مالیاتی، این مهم تاکنون محقق نشده است.
به طوری که با وجود تلاش‌ها و موفقیت های به دست آمده طی سال‌های اخیر، نـسبت پایین مالیـات بـه تولیـد ناخالص داخلی (۸ درصد در سال ۱۳۹۵)، نسبت پایین مالیات به هزینه‌های جاری دولت (۴۹ درصد در سال ۱۳۹۵) و نسبت پـایین مالیـات بـه منابع عمومی دولت (۳۶ درصد درسال ۱۳۹۵) در مقایسه با کشورهای دیگر همچنان به عنوان مختصات کمّی نظام مالیاتی ایران محسوب می شود.
بر این اساس و با عنایت به هدفگذاری برنامه ششم توسعه در خصوص هر یک از شاخص های مذکور (به ترتیب، افزایش به رقمی معادل ۱۰، ۷۲ و ۵۰ درصد در پایان برنامه)، تحول نظام مالیاتی جهت تحقق اهداف کمّی مذکور و همچنین بهبود وضعیت آن به لحاظ دیگر کارکردها، امری ضروری است.
فرار مالیاتی گسترده (حدود ۳۰ درصد درآمدهای مالیاتی) که حاصل عدم اشراف سازمان مالیاتی بر اطلاعات مالی و اقتصادی مودیان است، محدود بودن پایه های مالیاتی، گستردگی معافیت‌های مالیاتی به جهت اعطای معافیت های مالیاتی عام و غیرهدفمند طی سالیان متمادی (به طوری که با توجه به برخی برآوردها، بیش از ۴۰ درصد تولید ناخالص داخلی، خارج از شمول پرداخت مالیات قرار گرفته است) و مشکلات نظام مالیات بر ارزش افزوده، از اصلی ترین چالش‌های حال حاضر نظام مالیاتی در ایران است.
در راستای رفع چالش‌های نظام مالیاتی و به تبع آن ایجاد تحول در نظام مذکور، برنامه های ذیل جهت قرار گرفتن در دستور کار، حسب صلاحدید پیشنهاد می شود:
۱. ارتقاء اشراف اطلاعاتی سازمان امور مالیاتی کشور از طریق اجرای کامل طرح جامع مالیاتی به ویژه پروژه سیستم یکپارچه اطلاعات مالیاتی، استقرار کامل پایگاه اطلاعات هویتی، عملکردی و مالی موضوع ماده ۱۶۹ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۱۳۹۴ و نصب و راه اندازی صندوق های مکانیزه فروش.
۲. ساماندهی معافیت‌های مالیاتی به ویژه از طریق کاهش معافیت‌های مالیاتی مربوط به مناطق خاص (مناطق آزاد تجاری-صنعتی و کمتر توسعه یافته)، کاهش معافیت‌های غیرضروری بخش کشاورزی و کاهش معافیت‌های مالیات بر واردات به ویژه در خصوص معافیت‌های منطقه‌ای و تخفیفات سود بازرگانی برخی بنادر و گمرکات و همچنین کاهش معافیت‌های گسترده و عام مربوط به بخش های تولیدی، معدنی و گردشگری.
۳. ارتقاء تمکین مالیاتی از طریق بهبود فرهنگ مالیاتی به واسطه ایجاد شفافیت در هزینه کرد درآمدهای مالیاتی، ارایه خدمات و اطلاع رسانی مطلوب به مودیان مالیاتی و همچنین اجرای دقیق احکام مربوط به ضمانت اجرای وصول مالیات ها به ویژه ماده ۲۷۴ الحاقی به قانون مالیات‌های مستقیم (موضوع تبیین مصادیق جرم مالیاتی و جرایم کیفری مربوطه).
۴. وضع پایه های جدید مالیاتی همچون "مالیات بر مجموع درآمد"، "مالیات بر عایدی سرمایه با اولویت مالیات بر عایدی املاک" و "مالیات بر سود سپرده بانکی".
۵. اصلاح نظام مالیات بر ارزش افزوده از طریق پیگیری تصویب لایحه اصلاح قانون مالیات بر ارزش افزوده (با توجه به اصلاحات صورت پذیرفته در قالب آن همچون کاهش جرایم مالیاتی، ساماندهی معافیت های مالیات بر ارزش افزوده و اصلاح فرآیند مالیات ستانی از پیمانکاران طرف قرارداد با دولت)، پیگیری تصویب لایحه صندوق مکانیزه فروش (با توجه به تاثیر بسیار مطلوب بهره گیری از این سامانه های فروش بر رفع چالش های نظام مالیات بر ارزش افزوده) و نیز افزایش نرخ مالیات بر ارزش افزوده به صورت تدریجی از ۶ به ۱۰ درصد (با احتساب عوارض شهرداری‌ها معادل ۱۳ درصد). لازم به ذکر است هر یک واحد درصد افزایش در نرخ مالیات بر ارزش افزوده در سال ۱۳۹۷، افزایش درآمدهای مالیاتی دولت را به میزانی بیش از ۵۵ هزار میلیارد ریال را در پی خواهد داشت که این امر می‌تواند امکان کاهش نرخ برخی مالیات‌های اختلال‌زا همچون مالیات بر درآمد شرکت‌ها را فراهم نماید.
۶. بهبود شاخص سهولت پرداخت مالیات از طریق اتخاذ تمهیداتی شامل: "اجرای کامل طرح جامع مالیاتی به ویژه اجرای کامل پروژه سیستم یکپارچه اطلاعات مالیاتی با هدف فراهم شدن امکان مکانیزاسیون تمامی فرآیندهای مالیاتی، "دریافت الکترونیکی تمامی اظهارنامه‌های مالیاتی"، "تسهیل مراحل ثبت‌نام مودی و تشکیل پرونده مالیاتی" و "الکترونیکی شدن پرداخت مالیات از طریق تکمیل امضای الکترونیک در خصوص کلیه مودیان".